近年来，随着城市化进程的加快和建筑业的发展，工程代建作为一种新兴的建设模式逐渐兴起。在上海地区，最新的工程代建收费标准已经出台并实施。

首先，根据上海市住房和城乡建设委员会发布的《上海市房屋建筑和市政基础设施工程项目招标代理机构资格认定办法》规定，工程代建项目的招标代理机构的收费标准为：

1. 一般项目：招标文件编制费、评标专家抽取费用等相关服务费用，按照不超过项目总投资额的0.5%收取；投标保证金按不超过项目合同价款的2‰计收。

2. 高风险和高复杂度项目：除上述费用外，还需增加以下费用：

   - 项目管理费（按项目总投资的1%-3%）

   - 技术咨询费（按项目总值的1%-2%）

   - 其他费用（如风险评估、技术支持等）

其次，在实际操作中，工程代建的收费方式可能因具体的项目而有所不同。例如，对于一些大型工程项目，可能会采取包干制的方式进行结算，即根据项目总造价的一定比例支付给代建方。此外，代建方还可以与业主协商签订协议，约定具体的收费标准和付款方式。

总的来说，上海地区的工程代建收费标准相对较为合理，并且考虑到不同类型项目的特殊性，制定了相应的收费标准。然而，由于市场竞争激烈以及行业发展的不确定性，具体的收费标准可能会有所调整。因此，在选择合作单位时，应充分了解其资质和能力，并与对方签订详细的合同条款以保障双方的权益。